Χτισμένος στους νότιους πρόποδες του Κρονίου λόφου, ο εντυπωσιακός ναός δωρικού ρυθμού ήταν αφιερωμένος στην Ήρα, βασίλισσα των θεών.
Η μακρά αρχιτεκτονική του ιστορία παρέχει πολύτιμες πληροφορίες για την ανάπτυξη των ελληνικών ναών.
Αφιερωμένος από τους κατοίκους του Σκιλλούντα στην περιοχή της Τριφυλίας, συμμάχους των Πισατών, ο ναός συνδύαζε συντηρητικά και καινοτόμα χαρακτηριστικά.
Ο στυλοβάτης του, διαστάσεων 18,76 × 50,01 μ., τον κατατάσσει ανάμεσα στους μεγαλύτερους ναούς της εποχής του. Τα σωζόμενα κάτω τμήματα και οι ορθοστάτες του σηκού ήταν κατασκευασμένοι από πωρόλιθο, ενώ τα άνω τμήματα των τοίχων ήταν κατασκευασμένα από ωμές πλίνθους.
Ο θριγκός και οι κίονες ήταν αρχικά ξύλινα , και η οροφή του ήταν καλυμμένη με πήλινα κεραμίδια που έφεραν δισκοειδή ακρωτήρια .
Με το πέρασμα των αιώνων, οι ξύλινοι κίονες αντικαταστάθηκαν σταδιακά από λίθινους, με αποτέλεσμα να παρατηρούνται διακυμάνσεις στη διάμετρο, τις αυλακώσεις και το σχήμα του κιονοκράνου. Αυτή η διαδικασία διατήρησε ακούσια ένα χρονολογικό αρχείο στυλιστικών αλλαγών.
Στο εσωτερικό, ο σηκός χωριζόταν σε τρία κλίτη από δύο σειρές κιόνων, και η βάση που σώζεται σήμερα κάποτε στήριζε τα λίθινα αγάλματα της Ήρας και του Δία, πριν αφιερωθεί σε αυτόν ο μεγαλοπρεπής ναός της κλασικής εποχής .
Ο ναός της Ήρας στέγαζε επίσης σημαντικά αναθήματα, συμπεριλαμβανομένου του δίσκου του Ίφιτου με την επιγραφή της Ιερής Εκεχειρίας, που εξασφάλιζε την ασφαλή διέλευση των συμμετεχόντων στους Ολυμπιακούς Αγώνες.
Κατά τη Ρωμαϊκή περίοδο, λειτουργούσε ως χώρος έκθεσης αξιόλογων έργων τέχνης, μεταξύ των οποίων ο περίφημος Ερμής με το βρέφος Διόνυσο του Πραξιτέλη —που σήμερα στεγάζεται στο Αρχαιολογικό Μουσείο της Ολυμπίας.
Ο ναός φιλοξένησε επίσης τα Ηραία , μια γιορτή που διοργάνωναν δεκαέξι ευγενείς από την Ήλιδα και άλλες πόλεις του αρχαίου Ηλειακού κράτους.
Αυτοί οι αγώνες περιλάμβαναν αγώνες δρόμου για νεαρές γυναίκες στο Ολυμπιακό στάδιο, με τις νικήτριες να λαμβάνουν ένα στεφάνι ελιάς—παράλληλα με τους Ολυμπιακούς Αγώνες των ανδρών, από τους οποίους αποκλείονταν οι γυναίκες.
Αυτή η παράδοση καταδεικνύει ότι ενώ ο αρχαίος ελληνικός αθλητισμός επικεντρώθηκε κυρίως στους άνδρες, γυναικείοι αθλητικοί αγώνες υπήρχαν στον ιερό χώρο της Ολυμπίας.
Ο Ναός της Ήρας απέκτησε ανανεωμένη σημασία στη σύγχρονη εποχή, όταν επιλέχθηκε ως ο χώρος για το άναμμα της Ολυμπιακής φλόγας .
Σήμερα, η τελετή που τελείται από επαγγελματίες χορεύτριες και χορευτές που υποδύονται τις ιέρειες και τους αθλητές ντυμένοι με αρχαιοπρεπή ενδύματα, λαμβάνει χώρα μπροστά από το βωμό του ναού μερικές εβδομάδες πριν από τους Ολυμπιακούς Αγώνες, τόσο τους θερινούς όσο και τους χειμερινούς.
Χρησιμοποιώντας έναν παραβολικό καθρέφτη για την εστίαση των ακτίνων του ήλιου , η φλόγα ανάβει σε μια τελετουργία που δημιουργεί μια άμεση σύνδεση μεταξύ των αρχαίων και των σύγχρονων Ολυμπιακών Αγώνων, καθιστώντας τον ναό για άλλη μια φορά ζωντανό κομμάτι της Ολυμπιακής ιστορίας.
Παρ’ όλα αυτά, θα πρέπει να είναι κάτι παραπάνω από σαφές ότι μια τέτοια τελετή δεν υπήρχε στην αρχαιότητα στο πλαίσιο των Ολυμπιακών Αγώνων. Αντίθετα, μια αιώνια φλόγα που αντιπροσώπευε τη θεά Εστία φυλασσόταν σε βωμό στο Πρυτανείο των Ηλείων, δίπλα στον Ναό της Ήρας.